Doktor in Gefahr (wird NES: Tote Wissenschaftler)
Ort: Port Hanshan
Questgeber: Sicherheits-Kontrolleinheit
Im Computer entdeckt man eine Nachricht an einen Doktor, die besagt, dass er sich in Sicherheit bringen soll, da seine Verbindung zu einer Organisation bekannt wurde. Der Doktor befindet sich im Newton-System des Kepler-Randsektors, wohin man auch aufbricht, um diese Sache zu untersuchen und den Doktor zu warnen. Dort angekommen bekommt man eine Nachricht von Admiral Hackett. Jemand scheint es auf die ehemaligen Allianz-Wissenschaftler abgesehen zu haben, die damals an einem Geheimprojekt auf Akuze beteiligt waren. Nur einer dieser Wissenschaftler lebt noch, alle anderen wurden getötet. Man bekommt die Koordinaten des einzigen Überlebenden, die auf den Planeten Ontarom führen. Ziel dort ist eine unterirdische Einrichtung im Südosten. Vor der Basis müssen erst die Wachen – am besten mit dem Mako – ausgeschaltet werden. In der Basis befinden sich weitere Söldner und in einem Raum trifft man auf den Wissenschaftler, der von einem Soldaten namens Toombs festgehalten wird. Toombs war ebenfalls auf Akuze und will sich an den Wissenschaftlern rächen, da sie damals absichtlich Dreschschlunde zur Basis geführt haben um zu beobachten, wie sie angreifen. 50 Soldaten kamen damals ums Leben. Shepard (wenn man den Hintergrund Einziger Überlebender gewählt hat) und Toombs, an dem nachher noch Experimente durchgeführt wurden. Man kann nun Toombs überreden, den Wissenschaftler nicht zu töten, indem man ihm sagt, dass er ein guter Kerl ist. Andere Möglichkeiten führen dazu, dass Toombs erst den Wissenschaftler und dann sich selbst erschießt oder man bietet ihm an den Wissenschaftler selbst zu erschießen, da einem als Spectre nichts passieren kann.
