Das nächste Mal unterhält man sich auf Thessia mit dem Unbekannten. Hier verrät er, dass er versucht die Reaper zu kontrollieren. Er hält die Reaper für die Macht, die die Menschheit an oberste Stelle in der Galaxie setzen kann.
Das nächste Treffen findet direkt in der nächsten primären Mission statt, in der Shepard die Basis von Cerberus direkt angreift. Man erfährt, dass der Unbekannte den Katalysator für den Tiegel bereits kennt, jedoch nicht, worum es sich bei dem Katalysator handelt.
Gegen Ende des Spiels begegnet man ein letztes mal dem Unbekannten, der jedoch sichtlich indoktriniert ist. Nach einem kurzen Gespräch hat man die Möglichkeit den Unbekannten zu beseitigen.