Einige Spieler berichten von Problemen, wenn sie ihren individuell erstellten Shepard aus Mass Effect 1 oder Mass Effect 2 in den dritten Teil importieren wollen. Laut Chris Priestly im offiziellen BioWare-Forum liegt dies vermutlich daran, wie die Gesichter erkannt wurden, wenn sie aus Teil 1 in Teil 2 importiert wurden.
Das Team arbeitet fieberhaft an einer Lösung, in der Zwischenzeit wird den PC-Spielern empfohlen ein von Fans erstelltes Online-Tool zu nutzen, das anhand der Spielstände einen Gesichtscode erzeugen kann.